いくつかの手法を用いることで、フローサイトメトリーで細胞増殖を測定することができます。 細胞の周期によって前方散乱と側方散乱に違いが表れますが、さらに正確な方法があります。 その1つは、Ki67、MCM2またはPCNAのような増殖マーカーに対する抗体で染色することです。 あるいは、細胞周期のS期にDNAに取り込まれるBrdUで細胞をインキュベートすることもできます。 組み込まれたBrdUは、蛍光標識抗BrdU抗体を用いて検出することができます。 PIまたはDAPIなどのDNA染色と組み合わせると、S期における細胞の相対的な割合を決定することができます。

図34.増殖によるBrdU染色 (BrdU staining for proliferation)
増殖中の細胞をHoechst(A)またはPropidium Iodide(B)を用いた総DNA含量に対して、取り込まれたBrdUについて染色した。 BrdUは、マウスの抗BrdU抗体　(MCA2483)と、蛍光標識二次抗体で検出した。

抗体を使用することに加えて、CFDA-SEのような細胞質色素を用いて増殖を測定することができます。 細胞をタンパク質結合色素と共にインキュベートすると、標識された細胞が分裂するにつれて色素の濃度が半分になります。次の世代で蛍光レベルが低下することを利用して、増殖を測定します。 これらの色素の利点は、毒性がないことに加え、多様な色が利用できることであり、サンプルを固定処理せずとも免疫表現型解析と組み合わせることができます。

細胞周期の決定(Cell Cycle Determination)

細胞周期の各段階内の細胞の割合は、DNA量に応じて結合するPI、7-AAD、Hoechst 33342およびDAPIのようなDNA結合色素を用いて決定することができます。 つまり、G1の細胞の2倍のDNAを有するG2の細胞は2倍の蛍光を発します。 良好な染色を得るためには、細胞を冷70％エタノール中に固定する必要があります。 ただ、これは他の染色プロトコールに影響をおよぼす可能性があるため、プロトコールの章を参照してください。 細胞周期解析は対数スケールを使用するほとんどのフローサイトメトリーとは異なり、蛍光の差異が通常より小さいため、通常はリニアスケールで測定されます。データからダブレットを取り除くことが重要であり、サイトメーターの流速を下げることによってデータを改善することができます。 FlowJoやFCS Expressといった多くのフローサイトメトリーソフトウェアプログラムは、細胞周期の各期を正確に推定するアルゴリズムを備えています。